三權分立的體制下，司法是其中德高望重的部門，它不屬於任何政黨派別，力求公平公正。為達司法獨立，危地馬拉使用由高等教育分子出任法官的委任制度。然而當政府濫權時，知識分子卻也與政權同流合污，成為政府剷除對手的利器。雜誌「經濟學人」分析，到底是甚麼原因，導致法官淪陷。
制度的缺陷
委任法官前，政府會先成立「假定委員會（Postulation Commisions）」，從中提名法官人選。各大學法律學院院長佔委員會的 3 分 1 席位，其餘則包括在任法官、法律協會代表和大學校長。之後，總統、國會、最高法院、法律協會和危地馬拉唯一公立大學聖卡洛斯大學（Universidad de San Carlos de Guatemala），分別從名單裡提名一名人選，國會最終從人選中委任法官。當初這套程序是為了減少政治家對司法機構的影響，由 1985 年落實並一直沿用至今。
但實際情況卻事與願違。2001 年，聖卡洛斯大學的法律學院院長，曾說服學校將他提名為法官候選人。後來學校發現，他試圖授予更多學位來擴大影響力。而獲得學位的律師，加入律師協會後，便會從委員會中提供相應的幫助。這個現象導致法律學院學生大增，律師們甚至互相競爭，成為學院院長。「Insight Crime」調查發現，法官候選人之一 Fredy Cabrera 是達文西大學（Da Vinci University）法律學院的前院長，其學院一年有幾百名律師畢業，但學院上下只有一名正式員工，為名副其實的「空殼」學院。再者，從法律學院學院畢業的律師，皆自動成為律師協會一員，該制度的公平讓人質疑。
同流合污的政權
現任總統莫拉萊斯（Jimmy Morales）更與法官合作無間，打壓反對者的聲音。半島電視台報道，今年 6 月的選舉前，總統三大候選人先後纏上官司，影響其競選資格。前律政司司長阿爾達納（Thelma Aldana）曾經調查莫拉萊斯的貪污罪證，在今年欲參選總統時，反被指控貪污，法院發出逮捕令。而前第一夫人托雷斯（Sandra Torres）參選後，被新聞媒體爆出貪污醜聞，法院欲再次提告，阻止她競選。
事實上，早在 2009 年，生意人兼律師 Roberto Villatoro，就被指控收買了 54 人委員會中的 26 人，其中 6 人更成功當選高等法院法官。但是政府並沒有做出相應的對策，而是默許情況發生。2014 年，危地馬拉國際反對豁免組織（CICIG）調查發現，Villatoro 成功賄賂法官 Giovanni Orellana Donis，用一間豪華公寓，交換有利於他的最終裁決。二人最後被解僱及逮捕，但因整個制度上有缺陷，始終無法繼續防止該委員會及司法制度的淪陷。
