武漢肺炎肆虐全球，各國均採取非常手段以控制疫情。即使民主國家如英國，都動用大量警察來實行封城令；在一些專制國家如菲律賓，軍隊和警察權力就更大，抗疫手段來得更強硬暴力，甚至乘機打壓異見者。在印尼，很多學者就以「軍事化」（Militarised）來形容印尼強硬的抗疫手段，並擔憂疫情後當地的政治發展。
1945 年 8 月，日軍投降，二戰結束，在親共的蘇卡諾帶領下，印尼隨即宣佈獨立，並以指導式民主（Guided democracy）為名，一直實施軍事獨裁統治。到 1965 年，右翼軍人領袖蘇哈托發動政變奪權，並獨攬大權長達 31 年。蘇哈托實行血腥統治，單是 65 至 66 年間大舉排華清共，便殺害超過 50 萬人，到 1998 年亞洲金融風暴，印尼盾大幅貶值，國家經濟崩潰，年老的蘇哈托才下台。自此，印尼開始民主化，進入文人政府年代，2004 年起軍人更被禁從政。
可是，在現任總統佐科維多多支持下，愈來愈多軍隊領袖開始涉足政治，例如幫助推行反貪、基建和農業政策。2015 年時，作為三軍統帥，佐科維多多自己就身穿軍服示人，以示對軍方的支持。有分析員認為，佐科維多多扶持軍方勢力，是要制衡日漸坐大和腐敗的警察勢力。2019 年 5 月，佐科維多多成功連任，反對派質疑選舉不公，引發雅加達大型騷亂，後來擴展到西巴布亞地區。佐科維多多變得更依賴軍方，同年 10 月委任兩名前軍方領袖蘇比安托（Prabowo Subianto）做防長、法魯爾（Fachrul Razi）做宗教部長，另外衛生部長普特蘭托（Terawan Putranto）也是前陸軍軍醫，是後蘇哈托年代首次有前軍人入閣。
今年的武漢肺炎危機，令軍方掌握更多權力。直到 8 月 6 日，印尼有超過 118,000 人確診，逾 5,500 人死亡，成為全東南亞疫情最嚴重的國家。在這場抗疫戰中，不單衛生部長普特蘭托是前軍人，國家抗災署署長摩納爾多（Doni Monardo）亦是軍隊中將，他更統領了印尼武漢肺炎特別工作組。8 月 1 日，澳洲國立大學國防專家 Natalie Sambhi 在「外交家」雜誌撰文，形容武漢肺炎把印尼「再軍事化」，抗疫進程被軍方領袖主導，軍人走進各大村落提供醫療支援。她認為，政府確有必要舉全國之力對抗疫症，當然包括出動軍隊，但情況令很多人憂慮，並把這個軍事化現象，聯繫到近年東南亞民主倒退的狀況。
早在 4 月時，印尼建國大學國際關係講師 Tangguh Chairil 亦在「外交家」雜誌撰文，促請印尼當局改變軍事化的疾控模式，形容國家正面對瘟疫，而非叛亂。他認為政府出動軍隊抗疫，無疑可短時間內調動更多資源。可是，由軍人主導抗疫工作，很容易令國家安全壓倒醫學考慮。他觀察到，印尼政府處理武漢肺炎的模式充滿了軍事思維，行動與過往鎮壓內亂相似。政府會傾向淡化威脅，例如初期否認病毒對印尼的威脅，後來又指病毒會在乾燥季節變弱，同時拒絕作大型檢測。在早期，政府也以避免公眾恐慌為由，將疫情資訊保密，到 4 月 13 日佐科維多多才下令要公開更多資訊。上述都與過往軍方針對西巴布亞的行動思維吻合。
Chairil 也分析，政府思維一旦變得軍事化，就很容易陷入敵我矛盾的錯誤模式。在這次抗疫中，不難見到印尼中央政府視雅加達省政府為政治敵人，現任省長巴斯威丹（Anies Baswedan）受到在野陣營擁戴，是 2024 年總統大選的大熱門。這次疫情，中央政府一度拖延省政府的封城請求；28 個申請封城的地區，有 7 個被中央政府拒絕。當然，在疫情期間，政府對民間異見者的打壓也從來未停止過，4 月時便曾拘捕示威者和反政府的政策分析員，只不過新聞都被疫情的消息蓋過。
