人們一般會認為，有機牧場有助減少損害自然環境，但英國環保倡議者兼作家 George Monbiot 卻在新書 Regenesis: Feeding the World Without Devouring the Planet 中指出，以有機方式獲得的農產品如牛肉和羊肉，才是最破壞生態系統。
環境問題關乎土地使用。在開發土地與維繫野生森林、熱帶草原、濕地和其他重要的生態系統之間，往往是此消彼長的關係。Monbiot 指出，包括用於餵飼牧場動物的耕地農作物，現時佔全球陸地面積 12%；約 26% 土地用作放牧以生產肉類和牛奶。然而，牧養動物只夠供應全球人口所需蛋白質的 1%。
畜牧業者經常強調採取「模倣自然」的放牧系統，但超過 100 項研究顯示，當停止放牧牛或羊後，該土地上除了以糞便為食的物種外，幾乎所有野生動物的數量和多樣性也會增加。但凡牧養牛的地方，陸上的野生哺乳類、鳥類、爬蟲類動物，甚至是河流中的魚類也會減少。而這些野生動物，正是調節生態系統以減少大型捕食者的關鍵。
人類飼養猞猁和狼的努力，一直因畜牧業者反對而受挫。美國聯邦和州政府甚至代表牛羊養殖者殘殺野生掠食動物，包括使用有毒的誘餌、圈套，並從空中射殺狼、土狼、熊和山貓等；甚至採用氰化物地雷，至今已導致多個瀕危物種、數十隻家犬和至少一人死亡。只有少數像非洲東、南部等依靠旅遊收入的地區可容忍大型獵食者。
有英國的鹿群管理員評估，在高地，每 20 公頃土地最多只可放牧一隻羊，才能讓樹木和野生動物數量回復至「生態再生」的水平；在低地，每公頃土地僅可生產 54 公斤肉。而實際上，絕大多數「再生」牧場並未跟隨標準。一些改名為「整體管理」或「計劃放牧」的所謂更環保方式，跟傳統牧場同樣損害自然生態。美國的放牧場已導致一種名為作弊草（cheatgrass）的入侵物種席捲北美；牛欄內的非野生食草動物，亦被阻止遷徙。
人們經常反對城市擴張，但其實全球城市地區僅佔陸地總面積的 1%。相比之下，27% 用於放牧的土地，其生態機會成本卻反而遭忽視；包括養殖動物釋放大量甲烷和一氧化二氮，及放牧農場剝奪了重新塑造自然環境以吸收二氧化碳的用地。有機牛肉的飼養時間和土地需求更多，每公斤牛肉產生的氮，更是傳統牛肉農場的兩倍。
「自然」期刊發表了一項關於碳機會成本的研究，發現大豆的全球平均成本是每公斤蛋白質消耗 17 公斤二氧化碳，而一公斤牛肉蛋白的平均碳機會成本為 1,250 公斤。另有數據預測，假如人們都轉以植物為基礎飲食，有助恢復生態系統，其碳吸收量將相等於過去 16 年全球化石燃料的總排放量。
儘管畜牧業界曾發起大規模公關活動，宣傳放牧場的土地有助儲存碳，惟現時尚未有證據顯示其碳儲存量可補償放牧所造成的碳排放，更不用說其剝奪自然生態所帶來的碳機會成本。Monbiot 認為，正如石油工業一度以二氧化碳是「植物的食物」為由，說服大眾相信二氧化碳對地球有益，畜牧業也試圖掩飾或歪曲其對自然環境的毀滅性影響。
