現代人飲食習慣欠佳，經常出現腸胃問題，不少人會選擇服用益生菌補充劑，改善腸道微生態系統。但「華盛頓郵報」專文指出，益生菌並非人人適合，有些人服用後，特別是有高血壓或糖尿病時，或者服食抗生素時，腸道內的細菌平衡卻反被破壞，並導致微生物多樣性降低。
錯誤擠走腸道應有微生物
腸道中的微生物會分工合作並相互競爭。過程中，腸道中好菌及壞細菌的比例有時會失衡，造成微生態失調（Dysbiosis）。市面上出售的益生菌補充劑含有的細菌菌株品種有限，主要來自乳桿菌屬（Lactobacillus）、雙歧桿菌屬（Bifidobacterium）及其他一些菌群。這些微生物非常普遍，對健康有益處。
但是，德州大學安德森癌症中心綜合醫學項目教授兼主任 Lorenzo Cohen 指出，只集中服用高劑量的幾種細菌菌株，會破壞腸道平衡。他說：「你可能會因為有太多這些好東西，無意中造成生態失調，不但擠走壞東西，更擠走原本創造高微生物組多樣性的好東西。」
服用抗生素時服用益生菌
不少人會在服用抗生素時會服用益生菌，因為抗生素治療細菌感染，但也會消滅有益細菌，同時服用，為的是重新平衡腸道微生物組，儘量減少副作用。有研究亦表明，益生菌能預防與抗生素相關的腹瀉。
不過一項研究提出：益生菌與抗生素一起使用會帶來反效果。以色列魏茲曼科學研究學院的研究人員招募健康成年人，給予他們一星期抗生素療程。然後他們會被分成 3 組，一組服用流行的益生菌補充劑 4 星期，其中至少含有 10 種細菌；一組接受含有他們自己使用抗生素之前收集的腸道微生物糞便移植；一組則作為對照組。
服用抗生素後約 3 星期，對照組的微生物組恢復正常。糞便移植組的微生物組表現最好，幾天內就恢復正常。但益生菌組的微生物群，在 5 個月後仍未能恢復正常。與對照組或移植組相比，益生菌組的腸道微生物組多樣性也較低。
益生菌影響因人而異
最近另一項臨床試驗中，史丹福大學研究人員招募代謝症候群（Metabolic syndrome），即患 2 型糖尿病風檢極高的人士，他們本身有腹部肥胖、高血壓及高三酸甘油酯 （Triglyceride）等情況。受驗者被分成兩組，一組服用一種益生菌，其中含有幾種被認為對新陳代謝及消化系統健康有益的細菌菌株，另一組則不服用益生菌。
18 個星期後研究員發現，部分服用益生菌者血壓及三酸甘油酯水平有所改善，但同組有些人卻出現血糖及胰島素水平惡化。該研究作者、史丹福大學微生物學及免疫學高級研究科學家 Erica Sonnenburg 表示：「益生菌對某些人可能有益。但對於某些人來說，似乎也會讓情況變得更糟。」
若擔心服用益生菌補充品會影響健康，有醫生就建議食用發酵食品，例如酸菜、泡菜及乳酪等。發酵食品不僅含有益生菌（活微生物），更有益生元（微生物吃的纖維）及後生元（Postbiotic，微生物產生的維他命及其他營養素）。一項發表在期刊 Cell 上的研究指出，人們在 10 星期內每天吃發酵食品，有效降低炎症水平，並增加腸道微生物組多樣性。
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