科學界對植物基因變異的理解向來相對淺薄，霍華德 · 休斯醫學研究所（Howard Hughes Medical Institute）的 Zachary Lippman，就決定帶領團隊研究番茄基因圖譜。科學家對其基因組進行剪輯，把基因圖譜中的長序列複製、刪除、移動、插入，以觀察變異的效果。
多虧嶄新的長片段定序（Long-read Sequencing）技術，研究員破天荒地透過 100 種番茄品種，重現超過 20 萬種結構性基因變異。研究員期望，了解植物基因突變，能為未來的餐桌帶來更美味的農產品。
何謂結構性基因變異？
基因變異有兩種，一種比較微細，另一種則是結構性的。基因由 4 個「字母」組成，當其中 1 個字母被替換，就是小型基因變異，通常只為外觀帶來變化；而結構性變異，則牽涉一段長序列。結構性變異現象在自然世界比比皆是，例如，精神分裂症和自閉症，就相信與人類基因中的結構性突變有關。
長久以來，科學界都希望了解植物基因組的所有變化，但礙於基因排序技術限制，難以解讀過長的基因序列，找出相關變異，更遑論有效分辨每個基因帶來的實際影響。因此，科學界過往主力研究植物中微細的基因變異；是次實驗則改變了這個局面。Lippman 形容，若先前研究為植物基因世界開了一個窺視孔，是次研究就帶來一扇全景窗。
植物基因知識有何用？
Lippman 和團隊在這次研究中找到影響番茄風味、外觀、重量和產能的基因。比方說，其中一種基因能控制番茄大小與產量：只要改變相關結構，就能左右結果情況。團隊發現，失去此基因的植物不會結果，反之，若擁有 3 份相同基因，番茄體積就會增加 30%。
知道不同植物基因的屬性，有助理解不同品種特性異同，以改良現有品種。雖然是次實驗專注番茄，但亦能為研究其他品種帶來方向。行內專家深信，植物基因或有一定相似之處，是次研究有不少可以借鑒的地方。比方說，酸漿屬植物（包括燈籠果）是番茄近親，若把控制大小的基因複製至其基因組，是否亦能令果實看來更大更吸引？
但為農產品進行基因改造，當然沒有那麼簡單。研究結果顯示，要為現代番茄引入一種特性，往往需要 4 種結構性變異相輔相成。要達成 Lippman 口中「每為基因組作出一個改變，就能預知有何效果」的願景，科學界仍有一段漫漫長路。
