盧梭在「社會契約論」宣告：「人生而自由，枷鎖卻無處不在。」自由似乎天賦使然，其實在人間的時日不長，英國肯特大學（University of Kent）社會學榮譽教授 Frank Furedi 追溯世俗權威的歷史，主張 16 世紀的宗教改革家馬丁路德（Martin Luther）質疑教廷權威，繼而催生出各地反專制思潮，是為現代個人自由的起點。
馬丁路德不是首位從內部質疑教廷權威的教士：14 世紀就有英國修士 John Wyclif 指責教宗為「敵基督」，以及波希米亞神父 John Hus 譴責教廷耽於物質，更早之前，英國修士 William of Ockham 就提出教宗和教廷均有可能犯錯。不過若論影響之大，仍數馬丁路德：不止直接促成新教誕生，根據「權威的社會學歷史」（Authority: A Sociological History）作者 Frank Furedi 所述，馬丁路德更埋下了個人自由的種子。
「如果上帝死了，人就可以做任何事。」杜斯妥也夫斯基將上帝之死視為解放人類的關鍵，Frank Furedi 則認為，馬丁路德主張上帝與人之間能夠直接溝通，「人人皆為祭司」，質疑教皇的屬靈壟斷權，其實已動搖了宗教權威，其後宗教改革主張更蔓延為政治討論，此時權威首度成為一種哲學質詢對象，為日後反專制抗爭埋下伏線。在馬丁路德之前，不同權威人物或說法受到過質疑，但非權威本身，亦即千錯萬錯在代言人，上帝乃至國王的合理性是毋庸置疑的。
馬丁路德固然以宗教為依歸，服膺聖經權威，但同時亦暗示，之所以譴責教廷腐敗，乃出於一己良知。人有良知，而且能按之行事。當良知與世俗權威相左，馬丁路德寧被法庭判為異端，拒絕反悔立場，捨權威取道德，意味良心可變成批評專制的理據。康德曾言：「自由是道德法則存在的基礎，道德法則是自由的認知基礎。」盧梭亦說：「自由就是服從自己所制定的法律。」實踐道德，人類就踐行了一己自由。高舉個人良心，變相限制外界對心靈生活的干預。
馬丁路德一方面重新界定教皇及教廷的權責，為絕對權威劃下止步之境，另一方面將靈魂理想化，「暫時性的權威不論對錯，始終不能蠶蝕靈魂。」對靈魂的重視，啟發了歐洲文化對個人修養的興趣，最終演變為道德觀念的興起。既然靈魂不受世俗權威左右，論點必然引致個人自由與外在統治的衝突，兩者不能永久並存，長遠而言必有一方失勢。否定在世政權逼迫人民的合法性，等於削弱專制統治在所有生活層面的權威。而一旦人民獲得內在自由，便難以再不計條件承認權威。
英國歷史學家 Christopher Hill 如此評價新教精神：「人人皆為祭司……在邏輯上是『個人無政府主義』（individualist anarchy）的教條。」這種個人自由便是從反對專制的一己良知而來。不過，馬丁路德並非個人自由的擁護者。他旨在改革宗教，而非推倒一切權威，甚至堅持對世俗領袖的絕對服從，既反對農民起義，又支持血腥鎮壓，似乎與他對宗教權威的質疑互相衝突；其實盧梭一樣，雖然高舉個人自由，但同時主張建立直接民主，由公民參與制定法律自我約束，強調「大我」（general will）必然為善，在妥協下自由打了折扣，「拒絕遵循普遍意志者必會受到整體所驅策」，盧梭提倡的個體自由未必如今人所想。不過正如歷史發展所示，一概思潮的運動，不受任何權威所限；馬丁路德和盧梭未必會認同個人自由和議會民主，但違反偉人理念，未必就是錯。
