在大映的遺產再一次易手的前夕，德間書店重啟了卡美拉的系列。1995 年至 1999 年間，導演金子修介夥拍編劇伊藤和典，製作了後來被稱作「平成卡美拉三部曲」的電影系列。該三部曲不僅將這隻在昭和被嚴重簡化成「小孩朋友」的怪獸，提升至前所未有的複雜面貌，更因為拍攝手法和劇本深度，使其贏得「日本怪獸特攝電影金字塔頂端」的美譽。
相比昭和系列基本上沒有處理卡美拉的出身與存在意義，平成三部曲把這隻巨龜設定成古代失落文明的生化兵器，用於對抗其他怪獸。然而卡美拉作為兵器來說，其行動準則是打倒敵對怪獸，而不是保護人類，所以會毫不猶豫地在市中心開戰，間接造成大量傷亡。於是人類陣營的態度也由感謝其代為打倒怪物，逐漸變成恐懼和憎恨。
「怪獸及怪獸對決的社會意義」是在此以前的同類作品都沒有觸及的問題，因為這種過於寫實的探討，必然會收窄觀眾基礎，極大可能落於曲高和寡的下場。事實是現有的演出已經是淡化後的結果，伊藤和典原初構想的三部曲中，在第一部是人類守護神的卡美拉在第二部中受質疑，然後在第三部成為人類之敵。在實際演出中，第三部的卡美拉雖然被人類所恐懼和憎恨，但並沒有在真正意義上成為人類之敵。
儘管劇本和演出已經有一定的淡化處理，但以怪獸特攝而言仍然是相當激進的問題作，使平成三部曲的目標觀眾完全以成人為中心。尤其第三集「卡美拉 3：邪神覺醒」（ガメラ3 邪神覚醒）中的涉谷大戰，以及在京都車站內與伊利斯的對決，畫面上血腥直接的人類死亡表現，和在新聞報道上清楚講出的「過萬人犧牲」，雖然在愛好者群體內獲得極端好評，但票房遠不達標。加上德間書店經營困難，卡美拉連同一眾大映作品的版權被角川買下，第四集的企劃也不了了之。
第三集的結局裡，身受重傷的卡美拉望向京都車站外，無數的加歐斯正在從天而降，然後就播出製作人員名單。誰勝誰負，人類之後怎樣應對卡美拉，一大堆的問題和伏筆隨著系列的中斷而埋葬到瓦礫底下。
角川在 2006 年拍了一部獨立故事「小勇者們～卡美拉～」（小さき勇者たち〜ガメラ〜），回歸了昭和系列的「小孩朋友」風格，但口碑與票房都失利，於是沒有發展成系列。觀眾始終念掛著京都車站大戰的結局，希望有一天能看見平成三部曲的後續。
金子導演在今年的訪問中回應了這個問題：「雖然很可惜，拍攝新作的決定權不在我的手裡，但如果真的成事的話，我一直都是充滿幹勁的。」難道只要角川點頭，第四部就能成事嗎？然而金子接下來直接扼殺了這個可能性，「如果要拍令和版的話，我想拍新的卡美拉。雖然我知道有很多人想看第三部的後續，但在那之後已經過了 20 年以上，故事上已經不太現實。」
追求極致寫實的平成三部曲，的確難以在社會語境大幅變化後的今天接續把故事說下去。唯有期望在金子和伊藤的有生之年內，角川會重啟卡美拉系列，製作精神上的續作。
