人類絕大部肉食均來自畜牧業，要餵飽數十億張飢餓的口，自然要有龐大的畜牧業支撐。不過，畜牧除為人產出肉食，亦產出大量動物糞便。為「紐約時報」、「金融時報」多家媒體撰稿的健康與科學記者 David Cox 於「衛報」撰文，稱每年牲畜產生數十億公噸的排泄物，已開始毒害自然界。
根據去年 11 月於「自然」期刊發表的研究，估計至 2030 年，地球每年將產生至少 50 億公噸的糞便，當中絕大多數來自牲畜。研究作者之一的喬治亞理工學院環境工程教授 Joe Brown 認為，大便之多，絕對是嚴重問題：「隨著人口、財富增加，人們對蛋白質的需求亦增加，是以動物糞便日益增多。雖然妥善管理人類排泄物的措施隨處可見，卻沒有人討論其他動物糞便的問題。」
Cox 以英國為例，指即使環保署有為處理動物排泄設下規定，但英國的乳製品、家禽及豬場在 2010 至 2016 年間，仍發生共 424 宗與廢物處理有關的嚴重污染事故。此外，單是整個英國的奶牛，每年便生產 3,600 萬公噸廢物，足以填滿全英最高建築物夏德塔（The Shard）78 次。由於奶農要承受牛奶價格下跌的壓力，如何妥善處理這些髒亂有毒的廢物，不但棘手，而且成本高昂。
大多發達國家的農業系統，均以集約工業模式運作，故廢物的產出非常集中。Cox 警告，除非迅速處理這些問題，否則排泄物裡的大量有害氣體，如氨、一氧化二氮（Nitrous oxide）及硫化氫（Hydrogen sulfide）將污染空氣。這些有毒氣體一旦被人吸入，可能導致大量健康問題。不同的研究表明，居住在工業農場附近的人，患上哮喘、呼吸系統不適，免疫抑制（immunosuppression）甚至情緒障礙的風險，均比常人高得多。
Brown 認為，動物糞便帶來的健康風險，在人口大量增加的地方，如亞洲東南部部分地區，以及撒哈拉以南非洲地區等地至具威脅。中、低收入國家的農業系統生產過程中，人們直接接觸糞便十分常見，意味腸道感染仍然是常見的病故原因。科學家懷疑，不少致命的感染都有人畜共患的性質 —— 疾病可直接從動物或其廢物傳播予人類。「雞可以傳播沙門氏菌或甲型肝炎，奶牛是隱孢子蟲病（Cryptosporidiosis）的病源。這些感染可能產生長期後果，如營養不良、貧血甚至認知問題。」
除了影響健康，眾多動物糞便，亦有份導致氣候變化。Cox 指，任由這些廢物腐爛，會釋出大量溫室氣體甲烷，許多科學家均認為，動物糞是氣候變化裡，一個廣受忽視的因素。英國克蘭菲爾德大學氣候與環境保護中心教授 Philip Longhurst 便稱：「甲烷最初釋出時，它發出的熱量，比二氧化碳高 80 倍。甲烷會持續存在 10 至 20 年，直至被氧化，方會降低對全球變暖的潛在影響。」他補充：「假如觀察整個歐洲的甲烷排放源頭，農業廢棄物可能位列前三。」而在在中國，1980 至 2010 年間經濟急劇增長，動物蛋白質（animal protein）產量增加近 5 倍；由動物糞便釋出的甲烷，被指為同期大氣中，溫室氣體排放量增加 1 倍的主因之一。
此外 Cox 稱，糞肥對水道亦產生嚴重影響。傾倒、因洪水等意外流入河道的廢物，能引致嚴重生態災難。由於糞中富含磷及硝酸鹽等營養物質，可導致水生病原體擴散和有害藻類增殖。這些藻類能釋放致命的神經毒素，毒死野生動物，若它們遍佈河海，則最終會進入食物鏈，令人類嚐到「糞便惡果」。以中國為例，過半湖泊已受污染，使大量農村社區爆發霍亂等疾病。Cox 引述科學家預計，除非有更有效處理動物糞肥的方法，否則到 2050 年，大多中國河流的磷及硝酸鹽污染，將增加 1 至 2 倍。
荷蘭瓦赫寧恩大學教授 Oene Oenema，多年來一直研究亞洲農業污染。他表示：「水污染嚴重，主要最問題之一，是動物廢物處理不彰。當廢物進入河流，順勢到達湖泊及沿海地區時，魚類便會消失，水亦變得污濁不堪。中國部分地區仍然有直接從河道引水的做法，人們感染疾病的風險甚高。」
