由 1954 年開始，哥斯拉的電影有非常多部，連哥斯拉的模樣也有很多版本。視乎作品的劇本和美術設計，輻射恐龍可以是「鬼鬼祟祟走嚟走去嗰條」，也可以是「『呀——』嗰條」，而 1998 年荷里活版的「哥斯拉」就是前者。
當時荷里活版的評價兩極，雖然票房收入接近 4 億美元，但許多熟悉原版的觀眾都水土不服，甚至斷言「這不是哥斯拉」。東寶製作人富山省吾察覺世界各地群情洶湧，認為是本家推出新作的好時機，於是平成系列完結後 4 年，「哥斯拉 2000」在 1999 年 12 月 11 日以「恐怖與謎團」為題，重新定義了輻射恐龍的模樣，同時也開始了哥斯拉電影的千禧系列。
千禧系列總數只有 6 部，是三個時代中最少的。新時代新作風，此系列的女性角色以戰鬥員的身份出場，不再是等待被救的花瓶；在製作上亦放棄了平成建立的共通世界觀，除了「哥斯拉×機械哥斯拉」（2002）與「哥斯拉×摩斯拉×機械哥斯拉東京 SOS」（2003）外，故事和世界觀都是獨立的。系列中每部作品的風格都相差甚遠，如果不是因為製作年份的區隔，其差別之大，根本不足以被歸為同一系列。當中既有強調哥斯拉作為天災的恐怖，也有側重戰鬥的華麗，甚至有回到怪獸大混戰的傳統。
因為風格差異太大，所以根據個人口味，評價可以完全不一樣。機械哥斯拉的兩部創造了「三式機龍」，是歷代機械哥斯拉中設計最仔細、也是最帥氣的。首作的「哥斯拉 2000」強調「恐怖」與「解謎」的元素，寫實風格超過平成時代，不辱其開創系列的位置。
然而整體來說，如果在千禧系列中只抽一部觀看，筆者會推薦 2001 年的「哥斯拉．摩斯拉．王者基多拉 大怪獸總攻擊」，雖然乍看劇名似乎是有點令人洩氣的舊世代大亂鬥翻版，但這部事實上是哥斯拉電影史上數一數二的異端作品。導演金子修介在 1999 年剛剛拍完「平成卡美拉三部曲」，該系列被喻為日本特攝電影的顛峰。他以殘酷寫實的風格，將在昭和時代被嚴重低齡向化的卡美拉特攝，拍成即使拋開怪獸部分也具劇情深度的電影。
在「大怪獸總攻擊」中，金子修介顛覆了既有的設定和風格，摩斯拉、巴拉剛和基多拉被重新設定為日本的護國聖獸，而哥斯拉竟然是第二次世界大戰中東亞犧牲者的怨念聚合體。於是本來只是過癮的怪獸對戰場面，被轉化成包含政治與歷史隱喻的衝突。本作是繼 1954 年後，人類第二次以自力打倒哥斯拉，但在結局中，海底殘留的心臟突然開始跳動，暗示仍未徹底死透。假如與「二戰死者怨念聚合體」的設定對讀，哥斯拉之不滅則成為有多種解讀可能性的象徵。
在千禧系列的 6 部作品中，只有「哥斯拉最後戰役」（2004）是不推薦的。該作挾帶著「哥斯拉 50 周年」的名義，不僅讓之前哥斯拉電影中大多數的怪獸出場，就連 1998 年荷里活版那條鬼鬼祟祟的輻射恐龍都有露面，更甚的是其他過去東寶特攝電影的元素也被大量置入。大堆頭與情懷大於一切，劇本反而不算驚喜，所以除了熟知作品史的特攝宅外，對一般大眾而言，本作的觀賞度只屬一般。
雖然千禧系列的風格各異，但要說共通點的話，因為已算是近年的電影，所以場景會比過去兩個系列更貼近當下，例如出現手機之類。因為技術進步，皮套的細節變得仔細，建築物破壞也更像真，但同時 CG 技術也大量引入。CG 技術一方面做到過去無法實現的鏡頭，例如在水中游動的哥斯拉、空中戰鬥的雲海，還有快速移動的怪獸，但亦令畫面變得愈來愈「乾淨」。遺憾的是千禧系列的 CG 技術對比今天，仍是強差人意的階段，所以「乾淨」得來帶塑膠感。「哥斯拉最後戰役」使用了大量綠幕，令整部電影充滿了違和感。
當日本的特攝用愈多的 CG，愈少的皮套與微縮模型，那就與歐美電影的客觀分別愈來愈模糊。正如今天荷里活的「怪獸宇宙系列」展示，要鬥 CG 技術，日本基本上是沒有勝算的。於是「日本的哥斯拉特攝」是甚麼一回事，就是下一個系列需要思考的問題了。
