晚清時期，亦是全球帝國主義的高峰時期，西方列強透過與清廷簽下的各種不平等條約，瓜分勢力範圍。其中俄羅斯透過 1858 年「璦琿條約」和 1860 年「中俄北京條約」，鯨吞外東北約 100 多萬平方公里土地。在八國聯軍之役期間，俄軍的暴行更加是罄竹難書，近萬人在東北地區被屠殺，史稱「庚子俄難」。
屠殺事件發生在海蘭泡（俄稱布拉戈維申斯克）和江東六十四屯（現屬俄羅斯阿穆爾州），兩地接壤中國黑龍江。本來根據 1689 年「尼布楚條約」，兩地皆屬於滿清領土。可是到了 1850 年代，滿清積弱，在俄國政府鼓勵下，大批俄國居民滲透到黑龍江流域，到 1856 年哥薩克人更加私自在海蘭泡築寨。後來的「璦琿條約」和「北京條約」，更把海蘭泡和江東六十四屯納入俄國版圖，不過後者就被劃為特區，「遇有中國人住之處及中國人所佔漁獵之地，俄國均不得佔」。
簽署了「璦琿條約」後，俄國開始加快殖民黑龍江左岸流域，初時以軍事移民為主，俄國仍倚賴龐大的本地華人人口進行勞動工作；大量移民湧入當地，也多次蠶食了江東六十四屯的劃界。根據「黑龍江省志」，1900 年時海蘭泡有大約 4 萬人口，當中「有華僑 1.5 萬人，主要從事商業、手工業和蔬菜種植業」，他們多來自山東。至於江東六十四屯，1850 年代時約有人口 1.5 萬，漢族居半，滿族約佔 10 分之 3，但到 19 世紀末，當地人口已經急升至 3.5 萬人。
1900 年 6 月 21 日，慈禧太后以光緒帝的名義公佈「宣戰詔書」，向包括俄羅斯在內的 11 個國家宣戰，史稱「八國聯軍之役」。6 月 23 日，沙皇尼古拉二世隨即宣佈阿穆爾軍區（黑龍江左岸地區）進入戰爭狀態。那時候，當地已經出現多宗排華事件。7 月 8 日，數千名俄軍在海蘭泡集結，試圖闖入哈爾濱，當時清廷的黑龍江將軍壽山拒絕讓俄軍入境，7 月 14 日和 15 日，雙方爆發小型軍事衝突，俄軍皆未能得逞。
惱羞成怒的俄軍，把怨憤發洩在海蘭泡和江東六十四屯龐大的華人人口上。7 月 15 日，俄軍封鎖黑龍江口，扣押境內的中國船隻，並逮捕城内大約 3,500 名華人，洗劫他們的財產。他們被軍警抓捕到警署，後來因為空間不足，又被轉送到一個木廠庭院。17 日，軍警把被捕的華人全部驅趕到湖裡，歷史書「義和團運動史」這樣描述：
在途中，這群野獸刀砍或槍殺了昏倒的或掉隊的老人、兒童和體弱多病的人。到達江岸以後，又用鞭抽、刀刺、斧砍、槍擊等殘暴手段，將中國同胞趕進浪大流急的滔滔江水裡。先下水的溺死，不敢下水和奮起反抗的人遭到俄軍的射擊和砍殺。甚至母親懷抱中的嬰兒也無一倖免。半個小時後，岸上中國人的屍體堆積如山。
類似的大屠殺，在 5 天之間進行了 4 次，大約 5,000 名海蘭泡華人遇難，僅極少數人僥倖浮到對岸。
至於江東六十四屯的大屠殺，同樣慘烈。7 月 16 日，俄國軍警接到命令，逐家逐戶搜索華人。翌日，哥薩克騎兵分批把居民「遷往黑龍江彼岸」，實際是把屯內的華人驅逐入江，「溺死者七千餘人」。另外，在二十八屯趕不及渡江的華人，就通通驅趕在一所大屋之內「焚斃無算」。6 天之內，江東六十四屯全部落入俄人之手。8 月 17 日，俄方宣佈：
根據「璦琿條約」規定，一直歸中國當局管轄的前滿洲外結雅地區（即江東六十四屯）已歸我國當局管轄，凡離開我方河岸的中國居民，不准重返外結雅地區，他們的土地將交給俄國殖民者，供其專用。
在海蘭泡和江東六十四屯的慘案，上萬名華人遭屠殺，史稱「庚子俄難」。
不過，兩地的慘況只是冰山一角。根據「義和團檔案史料」，在伊爾庫次克、尼布楚、伯力、海參崴、庫頁島及黑龍江以北、烏蘇里江以東等地，沙俄軍警對世代定居該處的華人，同樣進行慘無人道的大屠殺，「被槍斃、水淹、火焚不下十餘萬」。
