天主教總是讓人聯想到保守政治，與政權關係密切，但其實教會內部亦存在另類主張。20 世紀後期拉美興起的解放神學運動（Liberation Theology），強調從受壓迫貧苦大眾角度詮釋信仰，鼓勵信徒投身政治抗爭，堅持教會要肩負解放使命，神職人員甚至投身革命，是天主教內部的激進革命派，也長年被教廷指控為變種的馬克思主義。
美國貝勒大學宗教研究所教授 Philip Jenkins 在著作「上帝一直在搬家」（The Next Christendom: The Coming of Global Christianity）解釋，西班牙及葡萄牙殖民以來，天主教都在拉丁美洲獨攬大權，可豁免各種財產稅及捐贈稅，學校宗教課程都是以天主教教義為本。這種情況持續到後殖民時期，天主教會經常與當權者同夥。
1970 年代阿根廷軍政府對異見分子發動「骯髒戰爭」（Dirty War），多達 3 萬人被失蹤，天主教會被指控默許政權暴力。出身阿根廷的現任教宗方濟各（Pope Francis），當年就任耶穌會阿根廷省會長，曾經被指控向軍政府交出兩位異見神職人員，但有關證據不足，教廷亦竭力否認。
然而，拉美龐大的教會架構內部，在 1960 年代開始湧現一股激進力量。當時第二次梵蒂岡大公會議（Second Vatican Council）通過決議，為天主教推行現代化改革，要求教會關注窮人和建立世界公義，鼓動拉美天主教改革派抬頭。不少拉美天主教領袖亦響應「優先選擇與窮人為伍」的主張，秘魯神學家古鐵雷斯（Gustavo Gutiérrez）於 1971 年發表的著作「解放神學」（Teología de la liberación），為當年最重要思想結晶。
解放神學相信，上帝特別通過窮人說話，只有從受壓迫貧苦大眾角度出發，才能正確解讀聖經；教會應當改善窮人生活，不僅積極於慈善事業，還要充當政治及社會變革中介，甚至以不同形式鼓勵信徒投身政治抗爭。在實踐上，教會地方領袖會建立基層團體 Comunidades de Base，以 10 至 30 名教徒一組，既帶領他們研讀聖經，又嘗試滿足他們的食物、食水、污水處理及電力需求。
基於天主教會在拉美的崇高地位，普遍神職人員都享有較大行動與發言自由，政權為免引起社會反彈及破壞與梵蒂岡的關係，對異見神職人員的打壓都節制得多，所以很多抗議活動都是在教會庇護下舉行。1973 年智利軍事政變後，天主教庇護異見組織「團結代牧協會」（Vicaría de la Solidaridad），便成為受迫害者家屬僅有的避難所。
反共教宗眼中的異端思想
不過，神職人員的免疫力也有其限度，政權若不在乎與國際及梵蒂岡的關係，教會也未必倖免於難，神職人員也會淪為受難者。被稱為「窮人主教」的薩爾瓦多總主教羅梅羅 （Oscar Romero），以關顧貧苦弱小聞名，內戰期間高調譴責侵犯人權暴行，成為軍政府眼中釘，1980 年被殺害，震驚國際。
這類血腥迫害變相提高教會聲望，但其實在天主教會內部，解放神學一直受到教廷排擠，與馬克思主義的關係是問題所在，不少論者認定這是左翼思想產物，部分教士更直接投身左翼革命行列。1978 年來自波蘭的教宗若望保祿二世（Pope John Paul II）上任，他以反共立場見稱，對任何形式的馬克思主義都不表信任，以致 80 年代梵蒂岡都致力壓抑激進派教士。
解放神學創始人古鐵雷斯，便長期被教廷視作危險的馬克思主義者，經常有傳被若望保祿二世暗中調查，當時負責調查的據指是德裔樞機拉辛格（Joseph Ratzinger），即後來的教宗本篤十六世（Pope Benedict XVI）。1984 年拉辛格發表訓令，指控「某些形式的解放神學，以不夠批判的態度，借用各種馬克思主義的思想概念」，警告這種「偏差」將會損害信仰本身。
直到現任教宗方濟各上台後，教廷與解放神學運動才見和解。2013 年古鐵雷斯獲方濟各邀請到梵蒂岡私下會面，其後更獲邀在梵蒂岡活動發言，2018 年羅梅羅又獲得教廷封聖，但今日拉美解放神學早就喪失當年的影響力。
